كتاب الْمَسَاجِدِ وَمَوَاضِعِ الصَّلاَةِ
5  
The Book of Mosques and Places of Prayer
(12)
Chapter: It is disliked to smooth the pebbles or make the dirt level during salat
(12)
باب كَرَاهَةِ مَسْحِ الْحَصَى وَتَسْوِيَةِ التُّرَابِ فِي الصَّلاَةِ ‏
Sahih Muslim 546 a

Mu'aiqib quoted the Messenger of Allah (ﷺ) mentioning the removal of pebbles from the ground where he prostrated himself. He (the Prophet) said:

It you must do so, do it only once.
حَدَّثَنَا أَبُو بَكْرِ بْنُ أَبِي شَيْبَةَ، حَدَّثَنَا وَكِيعٌ، حَدَّثَنَا هِشَامٌ الدَّسْتَوَائِيُّ، عَنْ يَحْيَى بْنِ أَبِي كَثِيرٍ، عَنْ أَبِي سَلَمَةَ، عَنْ مُعَيْقِيبٍ، قَالَ ذَكَرَ النَّبِيُّ صلى الله عليه وسلم الْمَسْحَ فِي الْمَسْجِدِ - يَعْنِي الْحَصَى - قَالَ ‏ "‏ إِنْ كُنْتَ لاَ بُدَّ فَاعِلاً فَوَاحِدَةً ‏"‏ ‏.‏
Reference : Sahih Muslim 546a
In-book reference : Book 5, Hadith 59
USC-MSA web (English) reference : Book 4, Hadith 1114
  (deprecated numbering scheme)